Pondok pesantren merupakan komunitas masyarakat dibidang pendidikan keagamaan yang telah lama tumbuh di Indonesia. Pengayaan pengetahuan kepada santri tentang lingkungan hidup, perlu diperdalam baik dalam kurikulum ekstra kulikuler maupun intrakulikuler. Dengan otonomi, sebuah pesantren dapat memberikan pelajaran tambahan atau khusus tentang lingkungan hidup yang terkait dengan ajaran Islam (Fiqh Lingkungan). Implementasinya dapat dilakukan melalui integrasi dalam pembelajaran fiqih muamalah dan ibadah yang disampaikan melalui teori ataupun praktik di komunitas pesantren.

Para pendidik di pesantren, sangat perlu untuk memahami tantangan lingkunang hidup dan permasalahannya, baik lingkungan sosial dan alam di sekitar pesantren. Sebab itu diperlukan sumber daya manusia dengan pengetahuan dan kapasitas yang memadai. Guru yang mendapatkan pencerahan atau pelatihan tentang lingkungan hidup dapat menyampaikan pesan pelestarian alam yang berkelanjutan di kalangan pesantren dan masyarakat. Program ekopesantren, menjadi media kegiatan yang terkait dengan peningkatan kapasitas dan pengetahuan pendidik agar dapat menjadi corong dalam menyampaikan kegiatan pelestarian alam dan lingkungan.

Air adalah sumber kehidupan, dan air bersih merupakan kebutuhan yang sangat vital bagi kehidupan manusia. Air dapat berlimpah di suatu tempat, namun dapat pula sangat terbatas. Bila sedikit menjadi kawan, namun bila banyak dapat mengakibatkan kehancuran. Saat musim hujan tiba, air melimpah ruah menjadi bencana bagi umat manusia, namun saat musim kemarau, banyak berita tentang kekeringan. Untuk itulah pelestarian air sangat terkait dengan daerah tangkapan hujan yang berupa hutan, karena hutan mempunyai fungsi untuk menyimpan dan mendistribusikan air, melalui mata air.

Untuk itulah program air dijadikan program dalam kegiatan ekopesantren, guna memberikan pengetahuan dan menjadi bahan edukasi dalam kegiatan di pesantren. Misal penghematan air untuk berwudhu, manajemen air dengan menggunakan air hujan (water harvesting), guna menghemat listrik untuk keperluan menyiram tanaman dan seterusnya.

Terdapat banyak sekali dampak buruk yang bisa diakibatkan oleh kondisi lingkungan yang tidak sehat dan dampak-dampak buruk itu sendiri bisa terkait dengan banyak hal. Sebagai contoh, kebiasaan sebagian besar masyarakat saat ini yang selalu menggunakan kendaraan bahkan dalam melakukan perjalanan yang jaraknya relatif dekat telah menimbulkan polusi udara yang tentu membuat udara yang ada di lingkungan menjadi tidak sehat. Tidak sehatnya udara tentu merupakan suatu kondisi yang buruk mengingat semua anggota masyarakat memerlukan udara untuk bernafas sehari-harinya dan udara yang tidak sehat tentu akan menjadikan siapa saja yang menghirupnya menjadi tidak sehat. Hal tersebut, tentu saja, bukanlah satu-satunya dampak buruk dari lingkungan yang tidak sehat.

Pondok pesantren dapat menjadi kawasan pembelajaran bagai komunitas pesantren dan masyarakat yang ada di sekitarnya. Pesantren yang memiliki lahan yang luas, dapat mendemonstrasikan kegiatan terkait dengan aksi lingkungan seperti penanaman pohon yang berbasis pada konservasi keanekaragaman hayati, apotik hidup (penanaman tanaman obat), pertanian organik untuk konsumsi komunitas pesantren dan santri.

Limbah atau bahan buangan, baik yang dihasilkan oleh aktifitas manusia atau proses alam yang belum memiliki nilai ekonomi, kini menjadi permasalah, tak hanya di kota besar ataupun di pedesaan, bila tidak dikelola dengan baik.

Limbah dapat berupa padat dan cair, ada yang masih dapat didaur ulang seperti limbah organik, untuk berbagai keperluan, seperti untuk pupuk organik, namun ada pula yang tidak mudah didaurulang, seperti limbah kimia. Atau limbah plastik dapat digunakan menjadi barang yang bermanfaat.

Untuk itulah komunitas pondok pesantren, sangat perlu diberikan beberapa pengetahuan tentang pengelolaan limbah, khusus dilingkungan pondok pesantren, agar tidak menimbulkan pencemaran.

Penghematan energi dapat dilakukan di pesantren dengan mengontrol pemakaian energi, baik energi listrik seperti penerangan, pendingin ruangan, memasak, menggunakan peralatan pompa air, alat listrik dan seterusnya yang menggunakan energi listrik. Dengan penghematan berarti pesantren turut menghemat pemanfaatan sumber daya alam, terutama dari bahan-bahan bakar fosil yang menjadi penyebab perubahan iklim.

Penggunaan energi yang terbarukan, seperti energi matahari, tenaga air dan angin dapat dinilai menjadi poin dalam kelangsungan pemenuhan kebutuhan energi di pesantren maupun di masyarakat. Pesantren dapat menjadi contoh dan pendorong pembiasaan penggunaan energi yang efektif dan efisien dan membiasakan perilaku masyarakat yang sadar akan pentingnya hemat energi dan pemanfaatan energi terbarukan.

Sumber daya alam hayati sering diartikan sebagai modal untuk menghasilkan produk dan jasa saja. Pada hal keanekaragaman hayati seharusnya merujuk pada aspek keseluruhan dari sistem penopang kehidupan yaitu mencakup aspek sosial, ekonomi dan lingkungan serta aspek sistem pengetahuan dan etika, dan kaitan diantara berbagai aspek ini.