Kegiatan pendidikan dan pelatihan dimaksudkan untuk menguatkan kapasitas sumber daya manusia pondok pesantren dalam menjalankan program ekopesantren.

Kegiatan ini dilakukan melalui lokakarya, kunjungan dan praktik lapangan, bersama para narasumber dari kementerian, universitas serta organisasi yang bekerja untuk isu lingkungan dan pembangunan yang berkelanjutan. Kegiatan ini juga didukung dengan sejumlah materi pelatihan sebagai bahan rujukan.

Kegiatan pendidikan dan pelatihan dilakukan secara berkala berdasarkan pembagian wilayah.